内窥镜包括胃镜，小肠镜、结肠镜、H道镜、腹腔镜、内镜下逆行胰胆管造影，超声内镜、支气管镜，膀胱镜等。
内窥镜检查的优点在于图像直观.对粘膜的观察是其他方法不能比拟的,还可以对病变部位采取组织标本进行病理检查,显著提高诊断的准确性:对某些病变还可以进行内镜下的治疗,如息肉摘除。内镜下止血、内镜取异物等。这里只介绍常见的胃镜、结肠镜和支气管镜。
(1)胃镜
有上腹部疼痛不适。饱胀、吸酸嗳气。胸骨后或心窝烧灼感、春咽困难、大便黑色等症状者，只要没有严重心。肺、主动脉疾病，没有食管、胃，十二指肠急性穿孔，能配合检查的，均适合做胃镜。胃镜能发现食管、胃和十二指肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤。血管曲张、出血等病变。如过去有胃溃疡，萎缩性胃炎、反流性食管炎、胃大部分切除术的病史，则需要定期进行胃镜检查,胃镜检查前要禁食6- 12小时，包括抽烟、吃药，检查前尽量不要喝水。
(2 )结肠镜
有腹泻、便秘、血便、粘液便、腹痛.腹部包块等症状，没有严重心、肺疾病，没有怀孕，能够配合者，均可以检查。近年来，可能是饮食结构的改变，溃疡性结肠炎、克隆病、结肠癌的发病率呈上:升趋势，结肠良性肿瘤(以结肠腺瘤为主)的发病率也很高。结肠镜检查前必须进行肠道准备，肠腔内干净与否是检查成功的关键之一。 检查前1~2天就只能吃少渣的半流质食物，还要用口服洗肠剂或洗肠的方法清洁肠道。
(3)支气管镜
如果有不明原因的略血、肺不张、胸腔积液，在同一部位反复发生肺炎，或肺炎吸收缓慢，有难以解释的持续性咳嗽，痰中找到肿瘤细胞，或X线胸片发现性质不明的肺内结节、肿块。这此情况就需要做支气管镜检查。严重心脏病、严重肺功能不全、主动脉瘤、极度衰竭的病人。不能做此检查。