目前检测血清中AP是临床上诊断肝癌的重要指标，其灵敏度、特异性甚至超过cT(计算机体层成像)、B超和核素扫描等方法。
肝爰、肝硬化患者AFP亦可一过性增高。肝主一般<400)微克!升，少数病例亦有超过1000 微克!升，持续时间大多数不超过2个月，发生在肝翻胞再生和增殖期;病情好转，ALT下降，AFP亦随之下降。肝硬化患者AFP变化不明显，一般升高幅度不大。AFP升高的原因，主要是由于受损伤的肝细胞再生而幼稚化，肝细胞便重新具有产生AFP的能力,随着受损肝细胞的修复,AFP逐渐恢复正常。睾丸、卵粟、骶骨部及腹膜恶性畸胎瘤，某些消化道肿病(如胃癌)，尤其是伴有肝转移者，AFP亦可增高。妊娠妇女12~14周时，血中AFP开始升高，32~34周达到高峰，以后下降。异常妊娠，如胎儿脊柱裂、无脑儿、脑积水、先兆流产等，也会引起母体血中和羊水中AFP升高。另有10%正常人AFP可能略升高,但一般小于40微克/升。在肝癌诊断方面，临床一般以≥ 40O微克/升作为原发性肝癌（PHC)的诊断临界值，但一部分PHC患者AFP也在正常范围内。一般认为，AFP的含量与肿瘤的分化程度有关。中等分化程度的肝癌多合成AFP，而高分化和低分化肝癌很少或不合威AFP。因此，临床检测AFP值对于病情的估计和治疗效果的评价有一定意义。在排除妊娠的生殖腺胚胎瘤后，AFP用于肝细胞癌诊断的标准为:①AFP>500微克/升持续4周以上。②AFP由低浓度逐渐升高而不降低。③AFP在200微克/升以上的中等水平持续8周以上。
AFP虽然对早期诊断是较好的指标，但临床意义还有限。有一些肝细胞癌恋者血清AFP浓度持续在20-2X0X)微克!升，故要作出早期诊断有一定困难。一般情况是血清AFP≥50O微克/升,持续1个月，排除其他相关疾病,尤其要与肝硬化鉴别，或AFP≥200微克升，持续检查，2个月不降，再参考血清生化肝功异常指标，并参照影像学检查、细胞学检查等，才能作出正确的判断。
AFP测定疑为肝癌者，应采用定位方法如B超检查，必要时可行CT、MRI、血管造影等检查，以明确诊断。由于肝癌中有10%~15%患者血清AFP呈低水平，甚至为阴性（如肝脸管细胞癌），肝癌患者中有30%~40%血清ATP检测为阴性，因此对AFP阴性的肝癌患者在考虑其临床表现的同时，需结合其他肿瘤标志—GT及其同工酶、DCP、AFU和 ALD-A等）及影像学检查，以提高诊断效率。